國研院動物中心長期供應國內各單位高品質實驗動物，為提供更多樣化服務，於民國九十七年初在台南科學工業園區成立南部設施。
南部設施座落於台南市新市區南科二路17號，位於台南科學工業園區內，緊鄰南科創業育成中心，基地總面積0.95公頃。本建物為前棟三層、後棟五層之獨立建築，總樓板面積4,826坪；前棟為行政區及實驗室區，後棟為SPF級動物試驗區及動物繁殖區。動物試驗區位於本建築物二樓，包含前棟實驗室區及PI研究室區，以及後棟動物代養區。
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